JUKOn ylin päättävä elin on liittokokous. Toimintaa johtaa hallitus. Hallitus edustaa neuvottelujärjestöä ja tekee sen puolesta sopimuksia.
Julkisalojen sopimuksista päättävät käytännössä hallituksen asettamat kunnan, hyvinvointialueiden (vuoden 2023 alusta), valtion, yliopiston ja kirkon neuvottelukunnat. Muiden sopimusten hyväksymisestä tai hylkäämisestä päättää JUKOn hallitus, joka myös vahvistaa neuvottelukuntien päätökset.
Toimielintemme tarkemmat tehtävät on määritelty JUKOn säännöissä, lue tästä.
Puheenjohtaja Katarina Murto (OAJ)
| Varsinainen jäsen | Varajäsen |
| Lauri Hietalahti (OAJ) | Markku Perttunen (OAJ) |
| Jenni Karsio (Talentia) | Tuomas Hyytinen (Talentia) |
| Katariina Kattelus (OAJ) | Santeri Palviainen (OAJ) |
| Laura Lindholm (Lääkäriliittojen neuv. järj.), vpj | Nora Savanheimo (Lääkäriliittojen neuv. järj.) |
| Petri Lindroos (OAJ) | Eila Urpilainen (OAJ) |
| Johanna Moisio (Tieteentek.), vpj | Hanna Tanskanen (OAJ) |
| Anitta Pakanen (OAJ) | Kirsi Sutton (OAJ) |
| Heta Piirto (Vakava) | Arja Lusa (Vakava) |
| Jore Tilander (JEA), vpj | Kari Eskola (JEA) |
| Ville Viita (Vakava), vpj | Arja Varis (Vakava) |
| Puhe- ja läsnäolo-oikeus | |
| Eve Becker | |
| Anu Halonen | |
| Tuomas Hyytinen | |
| Jussi Junni | |
| Kukka Junno | |
| Jari Järvi | |
| Harri Liikkanen | |
| Tarja Niemelä | |
| Jonne Rinne |