JUKOn ylin päättävä elin on liittokokous ja sen toimintaa johtaa hallitus. Hallitus edustaa neuvottelujärjestöä ja tekee sen puolesta sopimuksia.
Julkisen sektorin sopimuksista päättävät käytännössä hallituksen asettamat kirkon, kunnan, valtion ja yliopiston neuvottelukunnat. Muiden sopimusten hyväksymisestä tai hylkäämisestä päättää JUKOn hallitus, joka myös vahvistaa neuvottelukuntien päätökset.
Toimielintemme tarkemmat tehtävät on määritelty JUKOn säännöissä, lue tästä
Puheenjohtaja Olli Luukkainen (OAJ)
| Varsinainen jäsen | Varajäsen |
| Annarilla Ahtola (Vakava) | Arja Lusa (Vakava) |
| N. N. (OAJ) | Pekka Pankkonen (OAJ) |
| Petri Kääriäinen (OAJ) | Kari Nieminen (OAJ) |
| Laura Lindholm (Lääkärikartelli), vpj | Anja Eerola (Lääkärikartelli) |
| Petri Lindroos (OAJ) | Eila Urpilainen (OAJ) |
| Johanna Moisio (Tieteentek.) | Hanna Tanskanen (OAJ) |
| Anitta Pakanen (OAJ) | Kristiina Johansson (OAJ) |
| Tero Ristimäki (Talentia) | Paula Kangasmaa (Talentia) |
| Jore Tilander (JEA), vpj | Kari Eskola (JEA) |
| Ville Viita (Vakava), vpj | Tarja Niemelä (Vakava) |
| Puhe- ja läsnäolo-oikeus | |
| Eve Becker | |
| Jussi Junni | |
| Jari Järvi | |
| Kukka Junno | |
| Tiina Mäkinen | |
| Harri Liikkanen | |
| Jonne Rinne |