JUKOn ylin päättävä elin on liittokokous ja sen toimintaa johtaa hallitus. Hallitus edustaa neuvottelujärjestöä ja tekee sen puolesta sopimuksia.
Julkisen sektorin sopimuksista päättävät käytännössä hallituksen asettamat hyvinvointialueiden, kirkon, kunnan, valtion ja yliopiston neuvottelukunnat. Muiden sopimusten hyväksymisestä tai hylkäämisestä päättää JUKOn hallitus, joka myös vahvistaa neuvottelukuntien päätökset.
Toimielintemme tarkemmat tehtävät on määritelty JUKOn säännöissä, lue tästä
Puheenjohtaja Olli Luukkainen (OAJ)
| Varsinainen jäsen | Varajäsen |
| Helena Kahl (OAJ) | Markku Perttunen (OAJ) |
| Jenni Karsio (Talentia) | Tuomas Hyytinen (Talentia) |
| Petri Kääriäinen (OAJ) | Kari Nieminen (OAJ) |
| Laura Lindholm (Lääkäriliittojen neuv. järj.) | Nora Savanheimo (Lääkäriliittojen neuv. järj.) |
| Petri Lindroos (OAJ) | Eila Urpilainen (OAJ) |
| Johanna Moisio (Tieteentek.) | Hanna Tanskanen (OAJ) |
| Anitta Pakanen (OAJ) | Kirsi Sutton (OAJ) |
| Heta Piirto (Vakava) | Arja Lusa (Vakava) |
| Jore Tilander (JEA) | Kari Eskola (JEA) |
| Ville Viita (Vakava) | Arja Varis (Vakava) |
| Puhe- ja läsnäolo-oikeus | |
| Eve Becker | |
| Anu Halonen | |
| Tuomas Hyytinen | |
| Jussi Junni | |
| Kukka Junno | |
| Jari Järvi | |
| Harri Liikkanen | |
| Tarja Niemelä | |
| Jonne Rinne |